Navata a destra in alto
Esaù dinanzi ad Isacco
Benedizione di Giacobbe
Navata a destra in basso
Tav. XIV - Il miracolo della sorgente
Tav. XIII - Il presepe di Greccio
Tav. XII - L'estasi di San Francesco
Tav. XI - La prova del fuoco davanti al Sultano Melek El-Kamel
Tav. X - La cacciata dei diavoli da Arezzo
Tav. IX - La visione dei troni celesti con quello riservato al Santo
Tav. VIII - La visione del carro di fuoco
Tav. VII - L'approvazione della regola da parte di Papa Innocenzo III
Tav. VI - Il sogno di Innocenzo III - il Santo che sorregge la Chiesa
Tav. V - La rinuncia del Santo agli averi
Tav. IV - Il Crocifisso in San Damiano parla al Santo:
Vade Francisco et repara domum meam
Tav. III - Il sogno del palazzo pieno d'armi
Tav. II - Il Santo dona il Suo mantello ad un povero
Tav. I - L'omaggio di un uomo semplice che stende il suo mantello davanti al Santo
Transetto di destra
La Crocefissione
San Pietro risana lo storpio
La crocefissione di San Pietro
la caduta di Simon Mago
San Pietro guarisce gli infermi
La decapitazione di San Paolo
Transetto centrale
Cristo e la Vergine in trono
L'Assunzione della Vergine
La morte della Vergine
Il commiato della Vergine
Transetto di sinistra
San Giovanni e l'angelo
La caduta di Babilonia
Il settimo sigillo
La visione degli angeli
La visione del trono
La Crocefisione
Navata a sinistra
Tav. XV - La predica agli uccelli
Tav. XVI - La morte del Cavaliere di Celano
Tav. XVII - La predica ad Onorio III
Tav. XVIII - L'apparizione ad Arles durante una predica di Sant'Antonio da Padova
Tav. XIX - San Francesco riceve le stimmate sul Monte della Verna
Tav. XX - La morte di San Francesco
Tav. XXI - L'apparizione al Vescovo Guidi di Assisi ed a frate Agostino
Tav. XXII - L'accertamento delle Stigmate da parte di un cavaliere di nome Girolamo
Tav. XXIII - Il pianto di Santa Chiara e delle Clarisse presso San Damiano
Tav. XXIV - La canonizzazione da parte di Papa Gregorio IX
Tav. XXV - L'apparizione a Papa Gregorio IX
Tav. XXVI - La guarigione del ferito
Tav. XXVII - La confessione della donna resuscitata
Tav. XXVIII- La liberazione dell'eretico Pietro d'Assisi
(oppure Pietro d'Alife accusato ingiustamente di eresia)
l'accesso alla Basilica è consentito solo a certe ore e con un vestiario (anche d'estate) molto casto e coperto.